تتكون أجهزة اللجنة من اللجنة الوطنية ومكتب اللجنة الوطنية واللجان الدائمة واللجان الموضوعاتية، وحسب المادة السادسة من النظام الداخلي للجنة، فالمكتب يتكون من الرئيس ونوابه، والمقرر العام ونوابه، ورؤساء اللجان الدائمة ونوابهم.
ويختص رئيس اللجنة بالتنسيق بين اللجنة والوزارة، و ترؤس اجتماعات المكتب واجتماعات اللجنة، والتوقيع على جميع الوثائق الصادرة عنها و السهر على تنفيذ مقررات اللجنة، وهو الناطق الرسمي باسم اللجنة، والمسؤول عن تسليم التقرير العام ومخرجات الحوار للوزير، كما يختص باقتراح رؤساء اللجان ونوابهم على اللجنة من أجل المصادقة، ويمكنه تفويض بعضا من صلاحياته إلى أحد أعضاء اللجنة. وفي حالة غياب الرئيس ينوب عنه أحد نوابه بالترتيب.
أما المقرر العام فيختص بالإشراف على إعداد التقرير العام ومخرجات الحوار، و الإشراف على إعداد تقارير عن أنشطة اللجنة، والإشراف على إعداد محاضر اجتماعات اللجنة، والإشراف على إعداد محاضر اجتماعات مكتب اللجنة، وهو المسؤول عن مسك وأرشفة وثائق اللجنة، ويسمح له النظام الداخلي بتفويض بعضاً من صلاحياته إلى أحد نوابه بالترتيب، وفي حالة غيابه ينوب عنه أحدهم بالترتيب.
وحدد النظام الداخلي مهام مكتب اللجنة في التحضير لاجتماعات اللجنة، و إعداد جدول أعمال اللجنة ومشاريع القرارات التنظيمية اللازمة لحسن سير عملها، واتخاذ الإجراءات التدبيرية الكفيلة بضمان حسن سير عمل اللجنة،و تنظيم التواصل بين أعضاء اللجنة، ومتابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن اللجنة، ووضع مشروع البرنامج التنفيذي لفعاليات الحوار،
وفيما يتعلق باجتماعات مكتب اللجنة فالنظام الداخلي ينص على عقد مكتب اللجنة اجتماعا عاديا مرة كل أسبوعين بدعوة من الرئيس، واستثناء بطلب من أحد أعضائه وموافقة الرئيس وتكون اجتماعات مكتب اللجنة تحت رئاسة الرئيس أو أحد نوابه بالترتيب، وعند الاقتضاء من يفوض له ذلك، كما نص النظام الداخلي على اعتماد مكتب اللجنة مقررا تنظيميا لتدبير أعماله بعد مصادقة اللجنة عليه.
وبالنسبة للجان الدائمة واللجان الموضوعاتية فقد أقر النظام الداخلي وأرضية العمل بإحداث ثلاث لجان دائمة وهي لجنة أحكام الدستور، ولجنة الحياة الجمعوية، ولجنة الميثاق الوطني للديموقراطية التشاركية، في حين يتم إحداث اللجان الموضوعاتية باقتراح من اللجان الدائمة ومصادقة مكتب اللجنة.
